Die Landtagswahl vom 23. November 1958 bringt die CSU in unmittelbare Nähe der absoluten Mehrheit (45,6% und 101 Mandate). Auch die SPD legt zu (30,8% und 64 Mandate), während die kleinen Parteien, die den Sprung ins Parlament über die Zehnprozent-Hürde in einem Wahlkreis geschafft haben, allesamt Einbußen hinnehmen müssen - ein Ergebnis, das dem Konzentrationsprozess in der Parteienlandschaft auf Bundesebene entspricht. GB/BHE erhalten 8,6% (17 Mandate), die Bayernpartei erreicht 8,1% (14 Mandate) und die FDP 5,6% (8 Mandate).
Der bisherige Ministerpräsident Hanns Seidel (CSU) wird am 9. Dezember 1958 vom Landtag mit 120 Stimmen erneut gewählt. Seine Regierung stützt sich neben der CSU-Fraktion auf GB/BHE und die FDP. Mit der SPD war von vorneherein eine Zusammenarbeit ausgeschlossen worden. Einer Kooperation mit der Bayernpartei stehen befürchtete juristische "Nachbeben" wegen der Spielbankenaffäre im Weg. In den Mittelpunkt seiner Regierungserklärung rückt Seidel im Januar 1959 die Absicht der Staatsregierung, Bayern industriell und infrastrukturell weiter zu modernisieren.
Die Selbstanzeige eines beteiligten Kaufmannes bringt Ermittlungen gegen den Bayernpartei-Vorsitzenden Joseph Baumgartner und andere BP-Politiker im Zusammenhang mit der Vergabe der Spielbanken-Konzessionen ins Rollen. Im Februar 1959 hebt der Landtag die Immunität des BP-Chefs auf.
Im Prozess, der schon im August 1959 abgeschlossen wird, kann man Baumgartner und dem ehemaligen Innenminister August Geislhöringer (BP) Bestechung nicht nachweisen. Allerdings deutet man Ungereimtheiten und Widersprüche in den Aussagen der beiden Politiker vor dem Untersuchungsausschuss der zurückliegenden Legislaturperiode als Meineide und verhängt drakonische Strafen. Baumgartner erhält zwei Jahre Zuchthaus, zudem werden ihm die bürgerlichen Ehrenrechte für fünf Jahre aberkannt.
Die Urteile werden in den Pressekommentaren als hart bezeichnet. 1960 werden sie vom Bundesgerichtshof aufgehoben, der Schuldspruch an sich bleibt aber unangetastet. Die Affäre markiert das Ende der parlamentarischen Bedeutung der Bayernpartei, die zwar 1962 noch einmal knapp den Sprung in den Landtag schafft, aber dann in die Bedeutungslosigkeit fällt.
Der Tod des Ministerpräsidenten Hanns Seidel am 5. August 1961 ist ein einschneidendes Ereignis. Der in allen politischen Lagern hoch geachtete Politiker hatte sein Amt schon im Januar 1960 aus gesundheitlichen Gründen niedergelegt und seiner Fraktion den früheren Ministerpräsidenten Hans Ehard als Nachfolger empfohlen - möglicherweise auch, um eine polarisierende Kandidatur Alois Hundhammers zu vermeiden. Der bisherige Landtagspräsident Hans Ehard wird am 26. Januar 1960 zum Ministerpräsidenten gewählt und bildet in der Folge schon zum vierten Mal eine Regierung, die in ihrer Zusammensetzung fast identisch mit dem Kabinett Seidel ist. Neuer Präsident des Bayerischen Landtags wird Rudolf Hanauer (CSU).
Inhaltlich prägen kultur- und wissenschaftspolitische Themen die zweite Hälfte der Legislaturperiode: Das Privatschulleistungsgesetz - von allen Fraktionen getragen - bietet den privaten schulischen Einrichtungen eine finanzielle Basis. Fast einmütig wird auch das Schulverbandsgesetz im Plenum verabschiedet, das es ermöglicht, kleine Dorfschulen zu größeren Verbänden zusammenzuführen.
Ein Problem bleibt der gravierende Lehrermangel in Bayern, der gegen Ende der Legislaturperiode aufgrund einer Interpellation der SPD-Fraktion thematisiert wird. Kultusminister Maunz (CSU) will verstärkt für den Lehrerberuf werben.
Erstmals im Gespräch ist im Dezember auch die Gründung eines "Hauses der Bayerischen Geschichte" (HdBG), wofür sich SPD und Bayernpartei in Anträgen stark machen. 1962 greift die Staatsregierung die Idee auf und beschließt die Unterbringung eines solchen Hauses auf dem Gelände des ehemaligen Armeemuseums am Hofgarten, zusammen mit der Staatskanzlei. Es dauert allerdings noch bis 1983, bis das HdBG als Behörde organisiert wird.
Der Wissenschaftsstandort Bayern wird durch die Gründung einer vierten Universität gestärkt: Mit großer Mehrheit entscheiden sich die Abgeordneten am 10. Juli 1962 für Regensburg als Standort.
Peter Jakob Kock, Der Bayerische Landtag. Eine Chronik. Würzburg 1996, S. 125-147; Reinicke, Landtag und Regierung im Widerstreit, S. 259-263, 296-303, 324-327, 419-423