Der Ausgang der Landtagswahl am 20. November 1966 ist überraschend: Die CSU kann ihre Gewinne im Vergleich zu 1962 noch ausbauen und erreicht 48,1% der Stimmen (110 Mandate), obwohl der bundespolitische Trend in die entgegengesetzte Richtung geht. Auch die SPD legt leicht zu (35,8%, 79 Mandate). Die FDP scheitert dagegen an der Zehnprozent-Hürde auf Wahlkreisebene, obwohl sie landesweit bei 5,1% liegt. Auch die Bayernpartei ist nicht mehr im Parlament vertreten.
Die negative Überraschung bildet der Einzug der NPD in den Bayerischen Landtag. Die neue rechtsextreme Partei erzielt landesweit 7,4% und zieht mit 15 Abgeordneten in den Landtag ein, da sie in Mittelfranken die Zehnprozent-Hürde deutlich überspringt. Schon in der von Alterspräsident Wilhelm Hoegner (SPD) eröffneten Konstituierenden Sitzung des neuen Landtags kommt es am 2. Dezember 1966 zu verbalen Auseinandersetzungen mit der neuen rechten Fraktion, die vergeblich einen Vizepräsidenten-Posten einfordert. Die beiden großen Fraktionen von CSU und SPD hatten zuvor eine Geschäftsordnungsänderung vereinbart (d`Hondtsches Verteilungsverfahren), die dies verhindert.
Präsident des Bayerischen Landtags wird erneut Rudolf Hanauer (CSU), der mit der überwältigenden Mehrheit von 185 (von 200) Stimmen gewählt wird. Sein erster Stellvertreter wird der 80-jährige frühere Ministerpräsident Wilhelm Hoegner (SPD). Drei Tage nach dieser Sitzung wird Alfons Goppel (CSU) erneut zum Ministerpräsidenten gewählt. Seiner Staatsregierung gehören ausschließlich CSU-Mitglieder an. Goppels Stellvertreter wird Landwirtschaftsminister Alois Hundhammer, der im Laufe der Legislaturperiode aus gesundheitlichen Gründen von Hans Eisenmann abgelöst wird (11. März 1969).
Die Regierungserklärung vom 25. Januar 1967 ist von den im Freistaat deutlich spürbaren rezessiven Tendenzen geprägt: Goppel will in dieser Legislaturperiode sparen, zugleich aber die Rahmenbedingungen für die bayerische Wirtschaft verbessern. Deshalb sollen auch Bildungs- und Hochschulpolitik nach wie vor im Zentrum der Entscheidungen der Staatsregierung stehen.
In diesem Bereich liegt einer der Schwerpunkte der politischen Auseinandersetzungen der nächsten vier Jahre: Nachdem die SPD-Fraktion am 9. Mai 1967 schon in Erster Lesung mit einem Gesetzentwurf über die christliche Gemeinschaftsschule an der CSU-Mehrheit scheitert, starten die Sozialdemokraten ein Volksbegehren. Die CSU zieht nach, und so liegen gegen Jahresende 1967 zwei erfolgreiche Volksbegehren, initiiert von den beiden großen Landtagsfraktionen vor.
Mit Hilfe des CSU-Vorsitzenden Franz Josef Strauß, der sich über die Widerstände der Kurie hinwegsetzt, einigen sich die Kontrahenten doch noch auf einen Kompromiss: Am 30. April 1968 beschließt das Plenum mit großer Mehrheit eine Reform des Schulartikels in der Verfassung, der die Gemeinschaftsschule künftig zur Regel macht. Der notwendige Volksentscheid über diesen Landtagsbeschluss erhält am 7. Juli 1968 mit 78,4% eine große Mehrheit.
Auch hochschulpolitisch werden wichtige Weichen gestellt: Am 17. Dezember 1969 wird die Einrichtung einer - fünften - Landesuniversität in Augsburg beschlossen. Zudem stellen die beiden großen Fraktionen von CSU und SPD im Juli 1970 Anträge zur Gründung von Universitäten in Bayreuth, Passau und Bamberg. Am 30. September 1970 wird das Fachhochschulgesetz beschlossen.
Darüber hinaus ist die Legislaturperiode von verschiedenen, heftigen Auseinandersetzungen im Plenum geprägt, die sich am Auftreten der NPD-Abgeordneten entzünden. Bei der Verabschiedung des Gesetzes über die Wahlkampfkostenerstattung (30. April 1968) kommt es fast zu Handgreiflichkeiten zwischen NPD- und SPD-Parlamentariern.
Die gesellschaftlichen Umbrüche werfen ihre Schatten voraus und bestimmen mitunter auch die Arbeit des bayerischen Parlaments. Dies lässt sich zum einen daran ablesen, dass die studentischen Unruhen 1968 Gegenstand von Landtagsdebatten werden; zum anderen manifestiert sich diese Entwicklung in signifikanten parlamentarischen Entscheidungen, wie beispielweise der Herabsetzung des Wahlalters auf 18 bzw. 21 Jahre (Wählbarkeit) am 17. März 1970.
Peter Jakob Kock, Der Bayerische Landtag. Eine Chronik. Würzburg 1996. S. 164-185.