Die Landtagswahl vom 10. Oktober 1982 führt erstmals in der Nachkriegsgeschichte dazu, dass nur zwei Parteien im Landtag vertreten sind. Während die FDP mit 3,5% an der Fünfprozenthürde scheitert, ergeben sich bei den beiden großen Parteien nur geringe Veränderungen im Vergleich zu 1978. Die CSU erreicht 58,3% (133 Sitze), die SPD 31,9% (71 Sitze). Die Grünen überflügeln die FDP, landen aber ebenfalls unter der Fünfprozentgrenze (4,6%).
Das Wahlergebnis ist vor dem Hintergrund der bundespolitischen Ereignisse zu sehen: Die FDP kündigt in Bonn die Koalition mit der SPD und bildet mit CDU/CSU eine neue Regierung. Diese politische Richtungsänderung dürfte den Liberalen den Einzug in den Landtag gekostet haben. Die bayerische SPD kann allerdings nicht von einem erhofften "Mitleidsbonus" profitieren.
Am 20. Oktober 1982 konstituiert sich der Landtag und wählt erneut Franz Heubl (CSU) mit großer Mehrheit zu seinem Präsidenten. Eine knappe Woche später (26. Oktober 1982) erhält erneut Franz Josef Strauß (CSU) durch die Stimmen der Mehrheitsfraktion das Vertrauen des Landtags und wird zum Ministerpräsidenten gewählt. Das Kabinett wird am Folgetag vorgestellt: Für den ausscheidenden Gerold Tandler, der den CSU-Fraktionsvorsitz übernimmt, wird Karl Hillermeier Innenminister. Neu im Kabinett ist CSU-Generalsekretär Edmund Stoiber, der als Staatssekretär mit der Leitung der Staatskanzlei betraut wird.
Die Regierungserklärung und die sich anschließende Aussprache im Plenum nutzen Ministerpräsident Strauß und CSU-Fraktionschef Tandler zu einer Generalabrechnung mit der vormaligen sozialliberalen Koalition in Bonn. Für Bayern kündigt Strauß einen strikten Sparkurs an. Die Redner der SPD warnen hingegen vor einer Gefährdung des sozialen Friedens.
Zum dominierenden Thema dieser Legislaturperiode entwickelt sich die im oberpfälzischen Wackersdorf geplante Wiederaufarbeitungsanlage für atomare Brennstäbe (WAA). Erstmals beschäftigt die Thematik den Landtag am 13. Oktober 1983, als Wirtschafts- und Umweltausschuss eine gemeinsame Expertenanhörung durchführen und das Für und Wider erörtern. Zwischen der Energiewirtschaft und dem Bund Naturschutz als Gegner der Anlage ist die Wirtschaftlichkeit der WAA ebenso umstritten wie die Frage der Entsorgung des Atommülls. Noch ist die Entscheidung für Wackersdorf als Standort allerdings nicht endgültig gefallen.
Die CSU-Mehrheitsfraktion eröffnet die Auseinandersetzungen um die WAA im Landtag durch ihren Beschluss, dem Bayerischen Verwaltungsverfahrensgesetz ein so genanntes "Selbsteintrittsrecht" hinzuzufügen. Danach können Regierungspräsidien oder Minister schriftliche Anordnungen von überregionaler Bedeutung selbst vollziehen, falls sich die nachgeordneten Behörden weigern, den Vollzug fristgerecht vorzunehmen. Hintergrund dieser Verfahrensänderung ist die Weigerung des Schwandorfer Landrats Schuirer (SPD), die seiner Meinung nach unvollständigen Unterlagen zur WAA in seinem Amt aufzulegen. Am 4. Februar 1985 entscheidet sich die Deutsche Gesellschaft für Wiederaufbereitung von Kernbrennstoffen (DKW) für den Standort Wackersdorf.
Vorausgegangen war ein Tauziehen zwischen Bayern und Niedersachsen um den Zuschlag. Ein Hearing im Umweltausschuss des Bayerischen Landtags hatte bereits im April 1985 Zweifel an der geologischen Eignung des Standorts im Taxöldener Forst erbracht. Nun versucht die SPD-Opposition zunächst eine Enquète-Kommission und - nach deren Ablehnung durch die CSU - einen Untersuchungsausschuss WAA im Parlament einzusetzen. Als auch dieser abgelehnt wird, kommt es zur Verfassungsklage der Sozialdemokraten, in der die Richter mit knapper Mehrheit (5:4) gegen die SPD entscheiden, da lediglich ein Teil der geplanten Fragestellungen zulässig sei.
Am 11. Dezember 1985, als in Wackersdorf die ersten Bagger rollen, setzt der Landtag dann doch einen Untersuchungsausschuss ein, der nur die vom Gericht zugelassenen Fragen behandeln soll. Er endet am 24. Juli 1986 mit dem vorhersehbaren Ergebnis: Die SPD-Minderheit moniert die Nähe der Staatsregierung zur DKW und den Subventionswettlauf mit Niedersachsen, die CSU kann kein Fehlverhalten der Staatsregierung erkennen.
Noch mehrfach beschäftigt sich das Plenum in zum Teil hitzigen Debatten mit dem Thema WAA: Einen weiteren Eklat löst die Äußerung des Justizministers August Lang (CSU) aus, die SPD verbinde sich bei ihrem WAA-Protest mit Staatsfeinden (20. Februar 1986). Die SPD boykottiert daraufhin alle Plenar- oder Ausschusssitzungen, in denen Lang auftritt. Das führt dazu, dass auch eine vorzeitige Auflösung des Landtags in Erwägung gezogen wird.
Am 14. Mai 1986 findet eine Sondersitzung des Landtags nach der Reaktorkatastrophe von Tschernobyl statt. Während Ministerpräsident Franz Josef Strauß feststellt, dass Deutschland trotz der Katastrophe nicht auf die Kernenergie verzichten könne, fordert Oppositionschef Karl-Heinz Hiersemann (SPD) einen Ausstieg binnen zehn Jahren. Eine viel beachtete Rede hält der Vorsitzende des Umweltausschusses, Alois Glück (CSU), der eine zweigleisige Strategie (Weiterentwicklung der Kernenergie bei gleichzeitiger Suche nach alternativen Energiequellen) vorschlägt. Glück fordert eine "ernsthafte und grenzenlos offene Diskussion", da es falsch sei, "nur auf Kernenergie fixiert zu sein".
Peter Jakob Kock, Der Bayerische Landtag. Eine Chronik, Würzburg 1996, S. 258-282; Wahlanalyse bei Hartmann, S. 587 f.
