In der Landtagswahl vom 12. Oktober 1986 muss die SPD eine schwere Niederlage hinnehmen: Sie erreicht mit 27,5% (61 Mandate) das bis dahin schlechteste Ergebnis seit Kriegsende. Die CSU verliert ebenfalls 2,5 Prozentpunkte und erhält 55,8% der Stimmen (128 Mandate). Ohne Schwierigkeiten überspringen die Grünen die Fünfprozent-Hürde (7,5% und 15 Mandate), während die FDP erneut scheitert. Die CSU verliert Wahlanalysen zufolge vor allem in ihren ländlich-katholischen Kernlanden, in denen die rechtsradikale Partei der "Republikaner" offensichtlich eine spürbare Konkurrenz darstellt (insgesamt erreichen diese aber nur 3%).
Bei der Konstituierung des Landtags liegt das Hauptaugenmerk der Öffentlichkeit auf dem Einzug der - unkonventionell auftretenden - Grünen. Franz Heubl (CSU) wird zum dritten Mal Parlamentspräsident. Am 23. Oktober 1986 wählt der Landtag Franz Josef Strauß (CSU) - ebenfalls zum dritten Mal - zum Ministerpräsidenten. Sein Kabinett bietet zwei bemerkenswerte Änderungen: Für den ausscheidenden Kultusminister Hans Maier rücken zwei Minister nach, da das Ressort geteilt wird: Schulminister wird Hans Zehetmair (CSU), Wissenschaftsminister der bisherige Präsident der Technischen Universität München, Wolfgang Wild. Erstmals wird eine Frau Ministerin: Die bisherige Staatssekretärin im Kultusministerium Mathilde Berghofer-Weichner (CSU) übernimmt das Justizressort.
Die Regierungserklärung des Ministerpräsidenten (10. Dezember 1986) stellt das ehrgeizige Ziel der Staatsregierung vor, Bayern zum modernsten Land in Europa zu machen. Außerdem verlangt Strauß, den Erhalt der landwirtschaftlichen Strukturen zu einer nationalen Aufgabe zu machen. Die Grünen attackiert der Ministerpräsident scharf. Auch SPD-Fraktionschef Karl-Heinz Hiersemann verlangt von den Grünen, sich klar für Gewaltfreiheit auszusprechen. Hartmut Bäumer, einer der Fraktionssprecher der Grünen im Parlament, hält dagegen und behauptet, die "Umweltsünder in der Chemie" seien schlimmer "als diejenigen, die ohne Menschengefährdung einen Strommast umsägen".
Im Zentrum der Legislaturperiode stehen zwei Ereignisse: Der Tod des Ministerpräsidenten Franz Josef Strauß am 3. Oktober 1988 und die Entwicklung, der Fall der Berliner Mauer am 9. November 1989, der zur Vereinigung beider deutscher Staaten am 3. Oktober 1990 führt.
Am 5. Oktober 1988 gedenkt der Landtag in einer Trauersitzung des verstorbenen Ministerpräsidenten. Landtagspräsident Franz Heubl und Senatspräsident Hans Weiß würdigen Strauß in Ansprachen ebenso wie der neue CSU-Fraktionsvorsitzende Alois Glück (seit 14. Juni 1988) und der SPD-Fraktionsvorsitzende Karl-Heinz Hiersemann.
Zum Nachfolger im Amt des Ministerpräsidenten wählt das Parlament am 19. Oktober den bisherigen Finanzminister Max Streibl (CSU). Neuer CSU-Parteichef wird der schwäbische Politiker Theo Waigel, der die CSU im Bundestag vertritt. Streibls erste Regierungserklärung (01. Dezember 1988) steht in der Tradition der Vorgänger: Ziel sei es, "den Fortschritt zu fördern und Bayern trotzdem als liebens- und lebenswerte Heimat zu erhalten".
Am 14. November 1989, fünf Tage nach dem Mauerfall, debattiert der Bayerische Landtag erstmals über die Ereignisse in der DDR und die möglichen Perspektiven. Während die Grünen und die SPD vor einer Bevormundung der Bürger im Osten Deutschlands warnen, fordert CSU-Fraktionschef Alois Glück, dass eine mögliche Wiedervereinigung nicht tabuisiert werden dürfe. Am 20. Februar 1990 kündigt Ministerpräsident Streibl vor dem Plenum eine gesamtdeutsche Ministerpräsidentenkonferenz in München nach dem Vorbild von 1947 an. Alle Landtagsfraktionen betonen den Föderalismus als Fundament einer - nun schon sehr viel realistischer erscheinenden - Wiedervereinigung Deutschlands.
Einige Untersuchungsausschüsse bzw. eine Enquète-Kommission verdienen noch Erwähnung: Letztere - die erste im bayerischen Landtag überhaupt - wird am 15. Oktober 1987 eingesetzt, um sich mit der Immunschwächekrankheit AIDS auseinanderzusetzen.
Ein im März 1989 initiierter Untersuchungsausschuss zur Prüfung von Grundstücksgeschäften des Finanzministers Tandler endet am 11. Oktober 1989 mit unterschiedlichen Bewertungen: Die Oppositionsfraktionen von SPD und Grünen werfen der CSU-Fraktion vor, die Aufklärung behindert zu haben. Die CSU-Vertreter kontern, dass die Opposition den Ausschussauftrag unzulässig habe ausweiten wollen.
Im Dezember 1989 befasst sich auf Betreiben der SPD zum zweiten Mal ein Untersuchungsausschuss des Parlaments mit der Besteuerung des Wienerwald-Konzerns, der von den Finanzbehörden steuerlich "großzügig" behandelt worden sein soll. Opposition und Regierungsfraktion bewerten jedoch unterschiedlich, ob dabei seitens der Staatsregierung Einfluss genommen worden ist.
Ein im Herbst 1989 einvernehmlich eingesetzter Untersuchungsausschuss über die Missstände bei der "Chemischen Fabrik Marktredwitz" kommt im Juli 1990 zum Ergebnis, dass die Unternehmer "jahrelang die Behörden angelogen" hätten. Auch die Gewerbeaufsicht wird scharf kritisiert.
Peter Jakob Kock, Der Bayerische Landtag. Eine Chronik. Würzburg 1996, S. 282-322; Wahlanalyse bei Hartmann, S. 589 f.
