Am 14. Oktober 1990 erringt die CSU in der Landtagswahl wiederum die absolute Mehrheit. Mit 54,9% (127 Mandate) verliert die Regierungspartei nur marginal, während die SPD erneut eine Niederlage hinnehmen muss und bei 26% (58 Mandate) landet. Neben den Grünen (6,4% und 12 Mandate) zieht nun auch wieder die FDP ins Maximilianeum ein (5,2% und 7 Mandate). Die "Republikaner" scheitern an der Fünfprozent-Hürde (4,9%).
Am 12. Oktober konstituiert sich das der Landtag und wählt Wilhelm Vorndran (CSU) zum neuen Präsidenten. Erneut wird im Anschluss Max Streibl (CSU), mit einer Stimme auch aus dem Lager der Opposition, zum Ministerpräsidenten gewählt. Das neue Kabinett wird am 30. Oktober 1990 vom Landtag mit den Stimmen der CSU-Fraktion gebilligt. Personell haben sich einige Veränderungen ergeben: Leiter der Staatskanzlei wird Johann Böhm, neuer Finanzminister Georg von Waldenfels für den in die Wirtschaft wechselnden Gerold Tandler. Hans Zehetmair wird "Doppelminister" eines "Staatsministeriums für Unterricht, Kultus, Wissenschaft und Kunst".
In seiner Regierungserklärung vom 12. Dezember 1990 setzt sich Ministerpräsident Streibl mit Bayerns Rolle im vereinten Deutschland und im zusammenwachsenden Europa auseinander. Es gelte, die grundlegend veränderte geopolitische Lage Bayerns nach dem Fall des "Eisernen Vorhangs" als Zukunftschance wahrzunehmen und zu nutzen. Ziel müsse es sein, Bayern als eine neue "dynamische Wirtschaftsregion" im Herzen Europas zu verankern.
Nach dem erfolgreichen Volksbegehren "Das bessere Müllkonzept" legt die CSU-Fraktion am 19. November 1990 einen eigenen Gesetzentwurf für ein "Bayerisches Abfallwirtschafts- und Altlastengesetz" vor. Dieser Entwurf wird im Landtag jedoch von der Opposition abgelehnt. Beim Volksentscheid am 17. Februar 1991 setzt sich der CSU-Entwurf dagegen knapp gegen das Konzept des Volksbegehrens durch (51%).
Im Lauf der Legislaturperiode ergeben sich wichtige Neuerungen für den Bayerischen Landtag selbst: Am 17. März 1992 beschließt das Parlament ein von allen Fraktionen befürwortetes Fraktionsgesetz, das Rechtsstellung und Finanzierung regelt.
Ebenfalls mit großer Mehrheit wird am 27. Januar 1993 die Änderung des Landeswahlgesetzes beschlossen, die nach einer erfolgreichen Verfassungsklage der FDP notwendig geworden war: Die Proporzauszählung nach dem Hare-Niemeyer-Verfahren löst das d`Hondtsche Höchstzahlverfahren, das die kleineren Parteien benachteiligt, ab.
Gegen die Stimmen der Opposition verabschiedet der Landtag am 17. Juni 1993 ein Petitionsgesetz.
Im Dezember 1993 beschließen die Abgeordneten eine Art Verhaltenskodex, wonach sie sich verpflichten, persönliche Interessenverknüpfungen offen zu legen. Künftig werden Berufstätigkeiten neben oder vor der Arbeit als Abgeordneter veröffentlicht. Zudem müssen dem Landtagspräsidenten bezahlte Tätigkeiten, die neben dem Mandat ausgeübt werden, bekannt gemacht werden. Veröffentlichungspflicht besteht auch für Spenden, die in Verbindung mit dem Mandat stehen.
Das einschneidende Ereignis der Legislaturperiode ist der Rücktritt von Ministerpräsident Max Streibl am 27. Mai 1993 im Zusammenhang mit der seit Januar schwelenden so genannten "Amigo-Affäre". Streibl hatte auf Kosten eines schwäbischen Unternehmers mehrfach Urlaub gemacht. Entscheidend für die Demission ist allerdings, dass es in der CSU große Zweifel an Streibls Führungsstärke gibt. Man fürchtet, mit ihm 1994 eine Wahlniederlage zu erleiden, nachdem Umfragen die CSU 1993 nur noch bei 40% sehen.
Am Tag nach dem Rücktritt wählt der Bayerische Landtag Edmund Stoiber (CSU) zum neuen Ministerpräsidenten. Stoiber stellt dem Plenum am 17. Juni 1993 sein Kabinett vor. Diesem gehören vier neue Minister und sieben neue Staatssekretäre an. Neu sind unter anderen Innenminister Günther Beckstein und Wirtschaftsminister Otto Wiesheu (beide CSU).
In seiner ersten Regierungserklärung kündigt Stoiber am 30. Juni 1993 weitreichende Sparmaßnahmen, Privatisierungen und einen Abbau der Staatsverwaltung an.
Drei Untersuchungsausschüsse bestimmen die letzte Phase der Legislaturperiode. Im Juli 1994 beendet der "Schalck-Untersuchungsausschuss" in seltener Einmütigkeit seine Arbeit. Er hatte fast drei Jahre lang die bayerischen Verbindungen des DDR-Devisenbeschaffers Schalck-Golodkowski untersucht und unter anderem bewirkt, dass nun Steuerforderungen in zweistelliger Millionenhöhe seitens des Freistaats geltend gemacht werden können.
Kontrovers bewertet ein weiterer Untersuchungsausschuss dagegen andere "Steuerfälle": Im Fall des niederbayerischen "Bäderkönigs" Zwick hält es die Opposition für erwiesen, dass die Niederschlagung von Säumniszuschlägen auf die Steuerschuld Zwicks auf staatlichen Druck hin erfolgt sei. Die CSU-Mehrheitsfraktion kann eine derartige Einflussnahme nicht feststellen.
Strittig bleiben auch die Ergebnisse des "Amigo"-Untersuchungsausschusses. Dieser Ausschuss sollte ursprünglich nur die "Amigo"-Vorwürfe gegen Ministerpräsident Streibl untersuchen. Da die CSU den von der Opposition gewünschten Untersuchungsauftrag kürzt, boykottieren SPD, FDP und Grüne den Ausschuss. Er wird zwar mit den Stimmen der CSU-Mehrheitsfraktion eingesetzt, kann die Arbeit aber nicht aufnehmen, da die Opposition den Bayerischen Verfassungsgerichtshof anruft.
Als die Verfassungsrichter der Opposition in einigen Punkten Recht geben, wird der Untersuchungsausschuss im Mai 1994 im Einvernehmen aller Parteien neu eingesetzt - allerdings mit einer anderen Akzentsetzung. Im Zentrum der Untersuchungen steht nun die Vollstreckung des Testaments der Baur-Stiftung in Burgkunstadt. Der Untersuchungsausschuss kommt zu dem Ergebnis, dass die Ministerpräsidenten Strauß und Streibl für die Wahrnehmung des Amts des Testamentsvollstreckers jeweils bis zu 300 000 DM jährlich erhalten haben. Während die Opposition daraufhin von Verfassungsbruch spricht, kann die CSU-Mehrheitsfraktion in diesem Vorgang nichts erkennen, was rechtlich anstößig wäre.
Peter Jakob Kock, Der Bayerische Landtag. Eine Chronik, Würzburg 1996, S. 322-361; Wahlanalyse bei Hartmann, S. 605 f.
