Bei der Landtagswahl am 13. September 1998 verteidigt die CSU mit 52,9% der Stimmen (123 Mandate) erneut die absolute Mehrheit, obwohl der Regierungspartei neue Konkurrenz, etwa in den Freien Wählern (3,7%), erwachsen ist. Die Sozialdemokraten verlieren Stimmen und kommen auf 28,7% (67 Mandate), die Grünen erreichen 5,7% (14 Mandate). Das Ergebnis wird in den Analysen vor allem auf die Person des Ministerpräsidenten Stoiber zurückgeführt. Die Oppositionsführerin Renate Schmidt (SPD) kann diesen Bonus von Amt und Persönlichkeit nicht wettmachen. Die FDP scheitert erneut und erhält mit 1,8% der Stimmen sogar weniger als die "Republikaner" (3,6%) und nicht mehr als die gleich starke ÖDP.
Das CSU-Ergebnis ist besonders erstaunlich, da die Landtagswahl im Vorfeld der Bundestagswahl stattfindet, die zur Ablösung von Kanzler Helmut Kohl (CDU) durch Gerhard Schröder (SPD) und zur Etablierung einer rot-grünen Regierung auf Bundesebene führen sollte.
Gut zwei Wochen nach der Wahl (28. September 1998) konstituiert sich der Landtag erstmals für eine fünfjährige Legislaturperiode und wählt erneut mit großer Mehrheit Johann Böhm (CSU) zu seinem Präsidenten. Eine Woche später erhält Edmund Stoiber (CSU) zum dritten Mal das Vertrauen der Mehrheit des Bayerischen Landtags und wird zum Ministerpräsidenten gewählt. Sein neues Kabinett weist einige personelle Veränderungen auf: Der bisherige Leiter der Staatskanzlei, Prof. Kurt Faltlhauser, tauscht mit dem Finanzminister Erwin Huber den Posten. Thomas Goppel scheidet aus dem Kabinett aus; er wird neuer CSU-Generalsekretär. Bedeutsam ist auch die Teilung des Kultusressorts in die Bereiche Wissenschaft und Kunst (wie bisher: Hans Zehetmair) und Unterricht und Kultus (Monika Hohlmeier). Neu sind auch der Justizminister Alfred Sauter (bisher: Staatssekretär im Innenministerium) und der frühere Landrat von Kronach, Werner Schnappauf, als Umweltminister (alle CSU).
Am 29. Oktober 1998 gibt der neu gewählte Ministerpräsident seine Regierungserklärung vor dem Landtag ab. Sie ist geprägt vom Wechsel in Bonn und setzt sich kritisch mit der angekündigten Richtungskorrektur durch SPD und Grüne im Bund auseinander. Zudem verweist Stoiber auf die veränderten Rahmenbedingungen im Umfeld der Globalisierung. Die Staatsregierung werde darauf mit einer "High-Tech-Offensive" reagieren, in der Privatisierungserlöse gezielt zur Beförderung wirtschaftlicher Innovationen (z.B. in der Biotechnologie) eingesetzt würden.
Das Jahr 1999 bringt mit der "LWS-Affäre" die Staatsregierung in die Defensive: Die Landeswohnungs- und Städtebaugesellschaft (LWS) hatte im Zuge der Wiederaufbaueuphorie nach der Wiedervereinigung in gewaltige Bauprojekte in Ostdeutschland investiert und auf entsprechende Gewinne gehofft. 1999 indes summieren sich die Verluste bereits auf 367 Millionen DM. Dies setzt den Regierungschef, der zuvor als Innenminister die Investitionen befürwortet hatte, ebenso unter Druck wie seinen damaligen Staatssekretär, den jetzigen Justizminister Sauter, der von 1993 bis 1998 Aufsichtsratvorsitzender der LWS gewesen war. Nach einem öffentlich ausgetragenen Konflikt, in dem Sauter ablehnt, allein die Verantwortung zu übernehmen, entlässt Stoiber den Minister am 4. September 1999 und ernennt Manfred Weiß zum neuen Justizminister.
Im Parlament nimmt ein von der Opposition beantragter Untersuchungsausschuss vom November 1999 an die Vorgänge um die Verluste der staatlichen Gesellschaft unter die Lupe. Der Schlussbericht (9. Mai 2001) verneint eine Verantwortung des Ministerpräsidenten (und damaligen Innenministers); die Opposition bezeichnet in ihrem Minderheitenvotum dagegen Stoiber als Hauptverantwortlichen für die Verluste der LWS.
Ebenfalls mit einer Kabinettsumbildung verbunden ist die europaweit die Verbraucher beunruhigende "BSE-Affäre", in deren Verlauf Sozialministerin Barbara Stamm zurücktreten muss und von Christa Stewens (zuvor Staatssekretärin im Umweltministerium) abgelöst wird. Der Bayerische Landtag befasst sich monatelang intensiv mit den Folgen der Rinderseuche BSE. Es bestehen Befürchtungen einer Übertragung auf den Menschen durch den Verzehr von Rindfleisch. Vor allem die kleinere Oppositionsfraktion von Bündnis 90/Die Grünen sorgt mit einer Reihe von Anträgen für eine parlamentarische Aufarbeitung der Thematik. Bis Mitte 2001 bringt die Staatsregierung neue Standards in der Qualitätssicherung bei Fleisch und im allgemeinen Verbraucherschutz auf den Weg. Es wird ein neues Ministerium für Gesundheit und Verbraucherschutz unter der Leitung von Eberhard Sinner (CSU) geschaffen.
Zwei weitere Untersuchungsausschüsse verdienen Erwähnung: Der Landtag beschäftigt sich mit den Vorgängen um den Waffenhändler Karl-Heinz Schreiber, in die auch der Sohn des früheren Ministerpräsidenten Max Strauß verwickelt sein soll. Dabei geht es um die Frage, ob staatliche Stellen in Bayern Ermittlungen der Justiz behindert haben (Abschlussbericht am 18. Juli 2002).
In einem anderen Untersuchungsausschuss wird der Frage nachgegangen, ob der finanziell schwer angeschlagene Deutsche Orden staatliche Vergünstigungen erhalten hat (Abschluss: 25. Juni 2003). In beiden Fällen liegen die abschließenden Urteile von Mehrheitsfraktion und Opposition weit auseinander.
Hartmann, S. 610- 617; Bayerischer Landtag-Landtagsamt (Hg.), Tätigkeitsbericht über die 14. Wahlperiode 1998/2003, München 2004.
