Bei der Landtagswahl vom 28. September 2008 verliert die CSU die absolute Mehrheit und erzielt mit 43,4% (92 Sitze) der Stimmen das schlechteste Ergebnis seit 1954. Die SPD fällt zur letzten Wahl nochmals um 1% auf nun mehr 18,6% (39 Sitze) auf ein historisches Tief. Die FREIEN WÄHLER schaffen erstmals den Einzug in den Landtag und erzielten 10,2% (21 Sitze). BÜNDNIS '90/DIE GRÜNEN erzielt mit 9,4% der Stimmen (19 Mandate) ihr bisher bestes Landtagswahlergebnis. Mit 8,0% (16 Sitze) kann die FDP erstmals seit 1990 wieder in den Landtag einziehen. Alle anderen Parteien scheitern an der 5%-Hürde.
187 statt wie bisher 180 Mandatsträger gehören dem 16. Bayerischen Landtag aufgrund von vier Überhang- und drei Ausgleichsmandaten an. Der neu gewählte Landtag tritt am 20.10.2008 zu seiner konstituierenden Sitzung zusammen. Barbara Stamm wird als erste Frau zur Präsidentin des Bayerischen Landtags gewählt. Erstmals werden in dem Fünf-Parteien-Parlament auch fünf Vizepräsidenten gewählt.
Am 27.10.2008 wird der neue Parteivorsitzende der CSU, Horst Seehofer, zum Bayerischen Ministerpräsidenten gewählt. Mit der Wahl Seehofers hat Bayern zum ersten Mal einen Ministerpräsidenten, der nicht Landtagsabgeordneter ist.
Nach mehr als vier Jahrzehnten absoluter CSU-Mehrheit werden am 30.10.2008 die Minister der CSU-FDP-Koalitionsregierung vereidigt. Die FDP stellt den Wirtschafts- und den Wissenschaftsminister, die CSU alle weiteren Minister.
Zu Beginn der neuen Legislaturperiode wird die „Kommission zur parlamentarischen Begleitung der Krisenbewältigung bei der BayernLB“ eingesetzt. Die Kommission unterstützt die Vertreter des Freistaates Bayern in den Gremien der Bayerischen Landesbank bei der Wahrnehmung ihrer Kontroll- und Überwachungsbefugnisse. Am 11.07.2013 wurde der Tätigkeitsbericht der Kommission vorgelegt.
Am 24.02.2010 wird der Untersuchungsausschuss BayernLB/HGAA eingesetzt, um das etwaige Fehlverhalten und mögliche Versäumnisse von Mitgliedern bzw. ehemaligen Mitgliedern der Staatsregierung im Zusammenhang mit dem Erwerb und dem Verkauf der Hypo Group Alpe Adria (HGAA) durch die Bayerische Landesbank Bayern (BayernLB) zu prüfen. Das Gemium tagt in 29 Sitzungen und legt am 21.03.2011 den Schlussbericht vor.
Nach dem Vorbild des Bundestags konstituiert sich am 24. November 2009 die Kinderkommission des Bayerischen Landtags. Das Ziel dieser ersten Kinderkommission auf Länderebene ist es, im Parlament eine überparteiliche Lobby für die Belange der Kinder in Bayern zu bilden.
In der 16. Wahlperiode werden 7 Haushalte beschlossen (normal sind 4)
dazu 1.673 Änderungsanträge beraten. Zu den wichtigsten Gesetzen zählen das Neue Dienstrecht für die Beamten, das Bayerische Untersuchungshaftgesetz und das Neue Gesetz zur Sicherungsverwahrung. Außerdem gibt es Änderungen des Bayerischen Landesbank-Gesetzes mit neuen Regelungen zur Gremienzusammensetzung und zu den Aufgaben der BayernLB. Insgesamt verabschiedet das Parlament in der 16. Wahlperiode 184 Gesetze, Verordnungen, Abkommen und Staatsverträge, darunter auch das neue Abgeordnetengesetz. Von insgesamt 159 beschlossenen Gesetzen (inkl. Haushaltsgesetze) werden 72 ohne Gegenstimmen verabschiedet (rund 45%). Knapp über die Hälfte (inkl. Interfraktioneller Initiativen) aller vom Plenum positiv beschlossenen Anträge oder Gesetzentwürfe kommt aus den Reihen der Opposition.
Auch das Hochschulrecht wird weiter fortentwickelt (Bayerisches Hochschulgesetz, Hochschulpersonalgesetz, Hochschulzulassungsgesetz): So wird künftig z.B. allen Absolventinnen und Absolventen der Meisterprüfung der allgemeine Hochschulzugang eröffnet. Bei Familien mit mehreren gleichzeitig in Deutschland oder dem EU-Raum studierenden Kindern werden ab dem Wintersemester 2009/2010 nur noch einmal Studienbeiträge erhoben.
Die kurz vor der Sommerpause 2009 beschlossene Lockerung des Gesundheitsschutzgesetzes (Nichtraucherschutz) ist der Anlass für ein Volksbegehren, dass von 13,9% der Wahlberechtigten unterstützt wird. Das Volksbegehren über den Entwurf eines Gesetzes zum Schutz der Gesundheit (Gesundheitsschutzgesetz – GSG), Kurzbezeichnung: „Für einen echten Nichtraucherschutz“, lehnt der Landtag am 14.04.2010 ab. Daher kommt es am 04. Juli 2010 zu einem Volksentscheid. Er endet - bei einer Wahlbeteiligung von 37,7% - mit einem „Ja“ von 61% der Abstimmenden für ein striktes Rauchverbot. Mit Wirkung zum 01. August 2010 werden alle bis dato geltenden Ausnahmen des Rauchverbots (bis auf das Jubiläums-Oktoberfest 2010) gestrichen.
Das zweite Volksbegehren der 16. Wahlperiode, „Nein zu Studienbeiträgen in Bayern“, wird Anfang 2013 von 14,3% der Bürgerinnen und Bürger getragen. Inititiert u.a. von den FREIEN WÄHLERN wird es von zahlreichen weiteren Parteien und Organisationen unterstützt. Am 24.04.2013 beschließt der Bayerische Landtag dem Volksbegehren seine Zustimmung zu erteilen. Es ist damit das erste rechtsgültige Volksbegehren in der bayerischen Geschichte, das in unveränderter Form vom bayerischen Parlament angenommen wurde. Damit fand der geplante Volksentscheid zum Thema nicht mehr statt. Letztlich hatte eine breite Mehrheit, getragen von Abgeordneten der Oppositionsfraktionen und der CSU, für den Gesetzentwurf des Volksbegehrens „Grundrecht auf Bildung ernst nehmen – Studienbeiträge abschaffen“ stimmt. Die FDP-Fraktion lehnte, mit Ausnahme von zwei Abgeordneten, den Gesetzentwurf des Volksbegehrens ab. Zuvor war im Rahmen eines „Gesetzes zur Änderung des Haushaltsgesetzes 2013/2014“ mit den Stimmen der Regierungsfraktionen der Weg für die Finanzierung von Bildungsausgaben in Höhe von zusätzlich 421 Millionen Euro freigemacht worden.
Zur Umsetzung des Urteils des Bundesverfassungsgerichts über die Online-Durchsuchung wird im Juli 2009 das Polizeiaufgabengesetz geändert (Wegfall der Befugnis zum verdeckten Betreten von Wohnungen, Verbesserung der richterlichen und parlamentarischen Kontrolle; Verkürzung der Speicherungsfrist von Bild- und Tonaufnahmen; nachträgliche Unterrichtung über polizeiliche Beobachtung).
Der im Januar 2010 von der Staatsregierung eingebrachte Gesetzentwurf zu einem „Neuen Dienstrecht in Bayern“ bringt weitreichende Änderungen des Bayerischen Beamtengesetzes, ein neues Bayerisches Besoldungsgesetz, ein Bayerisches Beamtenversorgungsgesetz und ein Gesetz über die Leistungslaufbahn und die Fachlaufbahnen der bayerischen Beamten und Beamtinnen (Leistungslaufbahngesetz LlbG), das die bisherigen Laufbahnverordnungen ablöst. Mit diesem Gesetz werden noch weitere dienstrechtlich relevante Gesetze wie beispielsweise das Bayerische Richtergesetz geändert.
Für Diskussionen im Plenum des Landtags sorgt ab 2012 der Beschuss der Bayerischen Staatsregierung die Haushaltsschulden von rund 32 Mrd. Euro bis 2030 komplett abzubauen. Die Initiative „Bayern 2030 schuldenfrei“ soll Bayern zum ersten schuldenfreien Bundesland machen.
Am 04.07.2012 wird der Untersuchungsausschuss Rechtsterrorismus in Bayern - NSU eingesetzt, der einerseits die extremistischen Strukturen und Aktivitäten und die dagegen ergriffenen Maßnahmen der bayerischen Sicherheitsbehörden seit 1994 feststellen soll und andererseits die Mordanschläge in Bayern durch die Organisation „Nationalsozialistischer Untergrund“ näher untersucht. Nach 31 Sitzungen und zahlreichen Zeugeneinvernahmen wird am 09.07.2013 der Schlussbericht vorgelegt.
Am 24.04.2013 wird der Untersuchungsausschuss Fall Mollath eingesetzt, der ein mögliches Fehlverhalten bayerischer Justiz- und Finanzbehörden, zuständiger Ministerien und der Staatskanzlei im Zusammenhang mit der Unterbringung von Gustl Mollath in psychiatrischen Einrichtungen untersucht. Der Abschlussbericht erfolgt am 09.07.2013.
Große Bestürzung löst am 18. August 2010 der Tod des GRÜNEN-Abgeordneten Sepp Daxenberger aus. Daxenberger war von 1990 bis 1996 und von 2008 bis zu seinem Tod Mitglied des Landtags. Von 2002 bis 2008 war er Landesvorsitzender der GRÜNEN in Bayern.
Ebenso große Trauer verursacht der Tod des GRÜNEN-Landtagsabgeordneten Adi Sprinkart am 03.05.2013.
Überblick zur 16. Wahlperiode, Presseinformation des Bayerischen Landtags, München 2013.; www.bayern.landtag.de/dokumente/bilanz-der-16-wahlperiode/ (16.07.2018).
