Die Landtagswahlen vom 6. Juni 1920 bringen der SPD den Absturz von 61 auf 26 Mandate, während die USPD von 3 auf 20 Mandate und die KPD von 0 auf 2 Mandate aufsteigen. Gleichzeitig legt die DVP von 9 auf 20 Mandate zu, während die links von ihr stehende Liberale Schwesterpartei DDP von 25 auf 13 Mandate absinkt. Der Rechtsruck und gleichzeitig die Polarisierung in den Extrempositionen sind unübersehbar; dieser Trend lässt sich auch bei den am gleichen Tag abgehaltenen Reichstagswahlen beobachten. Die BVP-Fraktion bleibt mit 65 Mandaten fast gleich groß; der Bauernbund verliert vier Mandate und hat noch zwölf. Die Gesamtzahl der Abgeordneten wurde von 180 auf 158 abgesenkt, von denen drei für Coburg eingeplant sind, das sich soeben freiwillig dem Freistaat angeschlossen hat.
Ministerpräsident Kahr wird im Amt bestätigt und bildet eine weiter nach rechts tendierende Regierung aus BVP, Bauernbund und DDP (mit nur einem Ministerposten für diese). Hauptthema für die Regierung ist die Auseinandersetzung mit dem Reich im föderalistischen Sinne der BVP. Da sich die BVP nicht gegen die zentralistischen Zielvorstellungen der Zentrumsfraktion des Reichstags durchsetzen kann, beendet sie die Fraktionsgemeinschaft mit ihr. Mit Reichsfinanzminister Matthias Erzberger führt ausgerechnet ein Zentrumspolitiker 1920 eine Finanzreform durch, welche die finanzielle Selbstständigkeit der Länder zu Gunsten der Finanzhoheit des Reichs aufhebt.
Auf Druck der Siegermächte verabschiedet der Reichstag am 22. März 1921 ein Gesetz zur Entwaffnung der paramilitärischen Verbände (Freikorps und Einwohnerwehren), die aber in Bayern den besonderen Schutz der Regierung Kahr genießen. Kahr befolgt das Gesetz nur formal, die Einwohnerwehren bestehen unter anderer Bezeichnung ("Vaterländische Verbände") weiter. Diese schrecken auch vor Mord nicht zurück, um ihre Geheimnisse (z.B. verbotene Waffenlager) zu schützen. Der Aufforderung des Reichs, diesen Zustand zu beenden, kommt Kahr nicht nach.
Der Mord an Erzberger (26. August 1921) durch nationalistische Täter vertieft die Kluft zwischen Bayern und dem Reich. Reichspräsident Friedrich Ebert (SPD) erlässt nun eine "Notverordnung zum Schutze der Republik", die - u.a. durch das Verbot rechtsradikaler Zeitungen - in Länderkompetenzen eingreift. Nach Protesten Kahrs kommt es zu Verhandlungen zwischen Berlin und München, an der auch die Vorsitzenden der Landtagsfraktionen teilnehmen. Man findet einen Kompromiss, der aber von Kahr nicht akzeptiert wird. Da ihm die BVP die Unterstützung versagt, tritt Kahr zurück und wird damit zum Helden der außerparlamentarischen Rechten. Dieser geht es aber nicht um Föderalismus oder Zentralismus, sondern um Vernichtung der parlamentarischen Demokratie und Etablierung einer "nationalen Diktatur" auf "völkischer" Grundlage.
Kahrs Nachfolger wird Hugo Graf von Lerchenfeld-Koefering; auch er ist Beamter und kein Politiker. Er versucht sich gegen rechts abzugrenzen, hält Abstand zu den Vaterländischen Verbänden und findet im Landtag klare Worte gegen die Nationalsozialisten. Doch als der Reichstag nach dem Mord an Reichsaußenminister Walther Rathenau am 24. Juni 1922 das Republikschutzgesetz beschließt, gerät auch er in Konflikt mit dem Reich. Auf Druck der BVP muss er dieses Gesetz für das rechtsrheinische Bayern außer Kraft setzen und stattdessen eine landeseigene Notverordnung erlassen. Der einzige DDP-Minister tritt daraufhin zurück. In der Landtagsdebatte vom 25. Juli 1922 trifft Lerchenfeld den Ton, welcher der BVP zusagt: Aus parteipolitischen Gründen greife die Reichsregierung unter dem Deckmantel des Schutzes der Verfassung zu undemokratischen Sondermaßnahmen, um eine "Klassenherrschaft" und einen "über die Hoheitsrechte der Länder rücksichtslos hinwegschreitenden, sozialistischen Einheitsstaat" durchzusetzen. Heinrich Held, Vorsitzender der BVP-Fraktion, stellt die bayerische Justiz- und Polizeihoheit als die letzten verbliebenen Reste bayerischer Eigenstaatlichkeit dar, welche z.B. durch den vom Reich eingerichteten Staatsgerichtshof bedroht seien, und kritisiert die "Gesinnungsschnüffelei" (gegen erklärte Feinde der Republik!). Die SPD-Fraktion dagegen rügt die Handlungsweise der Regierung als Verstoß gegen die Reichsverfassung.
Nur mühsam kommt eine Einigung mit dem Reich zustande. Bayerns Kampf um seine föderalistischen Rechte erhält eine ganz eigene Note dadurch, dass die Mörder Erzbergers und Rathenaus in enger Verbindung mit einer rechtsradikalen Organisation stehen, die ihren Sitz in München hat: der "Organisation Consul". Sie bleibt völlig unbehelligt, da die Regierungskoalition den Staat nur von links bedroht sieht. An Stelle der DDP tritt die Bayerische Mittelpartei in die Koalition ein, die sich von einer "nationalliberalen" zu einer stramm "deutschnationalen" Partei gewandelt hat. Ihr Mitglied Franz Gürtner wird im August 1922 bayerischer Justizminister; er übt dieses Amt zehn Jahre lang aus. 1932 wird er Reichsjustizminister und bleibt dies zunächst auch unter Hitler. Unter Gürtners Leitung verstärkt sich die Schlagseite der bayerischen Justiz, die sie bei politischen Strafsachen "auf dem rechten Auge blind" macht. Trotz seiner Erfolge in der Auseinandersetzung mit dem Reich verliert Lerchenfeld die Unterstützung der BVP und tritt im November 1922 zurück.
Sein Nachfolger ist wiederum ein parteiloser Beamter: Eugen Ritter von Knilling. Bevor er das Amt annimmt, vergewissert er sich des Einverständnisses der "nationalen" Kreise. Deren Rückhalt sucht er auch, als im Herbst 1923 Bayern und das Deutsche Reich in die tiefste Existenzkrise während der Weimarer Republik stürzen: Der seit Januar 1923 praktizierte passive Widerstand gegen die Besetzung des Ruhrgebiets durch Frankreich hat zu einer Hyperinflation geführt und muss erfolglos abgebrochen werden; nationalistische Kräfte empfinden das als eine neue nationale Niederlage, die sie zum Losschlagen gegen die Republik reizt. Den demokratischen Staat beseitigen wollen auch die Linksradikalen; "Proletarische Hundertschaften" sammeln sich vor allem in Sachsen und Thüringen. Mit französischer Rückendeckung betreiben Separatisten die Loslösung der bayerischen Pfalz von Bayern und dem Reich. Durch die Inflation ist die gesamte gesellschaftliche Ordnung zutiefst zerrüttet.
Am 23. September 1923 verhängt Knilling über Bayern den Ausnahmezustand und ernennt Gustav Ritter von Kahr zum Generalstaatskommissar; dieser erhält die gesamte vollziehende Gewalt, soll aber "dem Gesamtministerium unterstehen". Das Reich verhängt seinerseits den Ausnahmezustand und verbietet den "Völkischen Beobachter", die Zeitung der Nationalsozialisten. Kahr weigert sich, dieses Verbot durchzuführen, und setzt seinerseits das Republikschutzgesetz des Reichs außer Vollzug. Kahr deklariert die Auseinandersetzung zwischen Bayern und dem Reich als Kampf zweier Weltanschauungen: "der internationalen marxistisch-jüdischen" und der "nationaldeutschen". Das ist auch die Diktion Hitlers, der jetzt seine Zeit gekommen sieht. Als er am Abend des 8. November seinen Putsch startet, ist er davon überzeugt, Kahr für den geplanten "Marsch nach Berlin", dessen Ziel die Errichtung einer nationalen Diktatur ist, auf seiner Seite zu haben. Kahr aber verweigert eine Kooperation.
Der Putschversuch führt nicht nur zum Bruch zwischen Kahr und Hitler. Es kommt auch zur Trennung der bürgerlich-konservativen Kräfte (speziell in der BVP) von den nationalrevolutionären Gruppen. Am 9. November stoppt die Bayerische Landespolizei an der Feldherrnhalle Hitler und dessen Anhänger. Sie werden verhaftet, NSDAP und SA werden verboten. Am 14. Februar 1924 stimmt der Landtag dem Antrag zu, den Ausnahmezustand wieder aufzuheben. Vier Tage später gibt Kahr seine Vollmachten zurück. Nach den Erfahrungen des 8./9. November lenkt die bayerische Regierung auch im Konflikt mit dem Reich ein. Sie erkennt nunmehr die Hoheitsrechte des Reichs auch auf bayerischem Boden an und bringt einige "Bauernopfer", darunter auch Kahr. Um diesem - und sich selbst! - einen Gesichtsverlust zu ersparen, ernennt sie Kahr zum Präsidenten des Bayerischen Verwaltungsgerichtshofs.
Zur gleichen Zeit wird auch das Problem des pfälzischen Separatismus gelöst: Nach der Ermordung des Separatistenführers Heinz Orbis durch die "Organisation Consul" und nach anderen Gewalttaten stimmt die Internationale Rheinlandkommission zu, dass die bayerische Bezirksregierung in der pfälzischen Hauptstadt Speyer wieder ihre Tätigkeit aufnimmt.
Am 21. Februar 1924 wird der Landtag vorzeitig aufgelöst, für den 6. April werden Neuwahlen ausgeschrieben, von denen sich die BVP eine Stärkung erhofft. Zugleich solle ein Volksentscheid über einige von der BVP gewünschte Verfassungsänderungen durchgeführt werden.
In seiner Rede am Ende der vierjährigen Legislaturperiode verwahrt sich Landtagspräsident Heinrich Königbauer (BVP) dagegen, dass man für alle Not im Volke die Parlamente verantwortlich mache; sie sei vielmehr Folge des Krieges und der "Bedrückung der Feinde" (der Siegermächte).
Hürten, in: Handbuch der bayerischen Geschichte, Band IV/1, S. 471-491; Hartmann, S. 478-489; Menges, in: Geschichte des modernen Bayern, S. 188-215; Reinicke, Landtag und Regierung im Widerstreit, S. 41-54.