Die Wahlen am 21. Juli 1887 bringen den Patrioten, die sich 1887 in Zentrum umbenennen, deutliche Verluste; sie erringen nur noch 81 Mandate (1881: 89 Mandate). Genau genommen verfügen sie nur über 79 Sitze in der Kammer der Abgeordneten, denn es gibt eine kleine, schwer einzuordnende Gruppe von zwei bis drei Abgeordneten um Alois Rittler. Dieser katholische Priester und Schulrektor war um 1877 Mitbegründer der "Katholischen Volkspartei", welche eine extrem konfessionelle und antiliberale Politik verfolgte, die den "christlichen Kulturstaat auf katholischer Grundlage" wiederherstellen wollte. Rittler hat sich allerdings um 1882 von dieser Partei getrennt und sich wieder den Patrioten angeschlossen, ist zudem auf einen regierungsfreundlichen Kurs eingeschwenkt und versteht sich nun als Stütze des Staats und des Kultusministers Johann von Lutz. Die Konservativen gewinnen erstmals fünf Mandate; diese Partei, die unter verschiedenen Bezeichnungen aufgetreten ist, sammelt die Anhänger des orthodoxen Luthertums in Franken und hat gewisse Gemeinsamkeiten mit dem Zentrum, mit dem sie auch öfters stimmen. Die Liberalen halten mit 70 bis 71 Mandaten ihren Stand von 1881.
Der Prinzregent stellt in seiner Thronrede die Finanzpolitik in den Mittelpunkt. Er betont, dass sich die Steuereinnahmen zwar günstig entwickelt hätten, dass aber diese Überschüsse zur Finanzierung der wachsenden Reichs- und Staatsausgaben nicht ausreichten. Um neue Einnahmen für das Reich zu schaffen, schlägt er vor, ein bayerisches Separatrecht - die Branntweinsteuer - an das Reich abzutreten. Es handelt sich dabei eigentlich um eine Verfassungsänderung, die einer qualifizierten Mehrheit bedarf. Doch Regierung und Landtag kommen überein, die Angelegenheit als normales Gesetz zu behandeln. Im Gegenzug stellt der Prinzregent die Aufbesserung der Gehälter der Staatsbeamten, Lehrer und Geistlichen sowie der Angestellten bei den Staatseisenbahnen in Aussicht. Auf ähnliche Weise wird die Änderung eines Verfassungsartikels behandelt, welcher die Befugnisse des Regenten einschränkt (z.B. Verbot der Einführung neuer Ämter, provisorische Besetzung der Ämter, Verbot des Verkaufs von Immobilien des königlichen Hauses); auch hier wird eine Lösung gefunden, die eine dauerhafte Regentschaft ermöglicht, ohne dass ausdrücklich die Verfassung geändert wird. Ferner kündigt der Prinzregent Gesetzesvorlagen zur Einführung einer Unfallversicherung für die Arbeiter der bayerischen Staatseisenbahnen und in der Landwirtschaft an, die der gleichzeitigen Reichsgesetzgebung über die Kranken- und Unfallversicherung entspricht.
Für Spannungen zwischen Regierung und Landtag sorgen wieder kirchenpolitische Themen. Auslöser ist eine Bemerkung des Prinzregenten, wonach der Papst sich zufrieden über die Lage der katholischen Kirche in Bayern geäußert habe. Dies führt zu einer Richtigstellung seitens des Papstes, zu einer Eingabe der katholischen Bischöfe in Bayern an den Prinzregenten, zu einem Appell des Papstes an die katholische Öffentlichkeit, zur Einberufung des ersten bayerischen Katholikentages in München im September 1889, auf dem sich eine katholische Volksbewegung hinter die Forderungen der Bischöfe stellt, und schließlich zu einer Reihe von kirchenpolitischen Anträgen des Zentrums im Landtag im November 1889. Dabei geht es um die Abschaffung des staatlichen "Placet" (des vom Staat beanspruchten Rechts, kirchliche Verkündigungen in Glaubens- und Sittenfragen zuzulassen oder zu untersagen), um die Stellung der Altkatholiken, die als eigene Glaubensgemeinschaft eingestuft werden sollen, und um die Zulassung des Ordens der Redemptoristen.
Kurz bevor Kultusminister von Lutz aus gesundheitlichen Gründen seinen Abschied nimmt (30. Mai 1890; er stirbt ein halbes Jahr später), gibt er hinsichtlich der beiden letztgenannten Themen nach; das "Placet" bleibt davon unberührt. Seinen Höhe- und Endpunkt findet der Kulturkampf in Bayern 1890, als der Prinzregent die Abhaltung eines Deutschen Katholikentages in München verhindert, der für den Sommer 1890 geplant war. Staat und katholische Kirche schließen danach Frieden, ohne die Öffentlichkeit oder die Zentrumspartei einzuschalten.
Das Amt des Vorsitzenden im Ministerrat geht von Lutz auf den bisherigen Außenminister, Friedrich Freiherrn von Crailsheim, über. Crailsheim will seine staatskonservative Politik "über den Parteien" stehend durchführen, indem er versucht, die jeweils gemäßigten Kräfte bei den Liberalen und bei der Zentrumspartei einzubinden. Unterdessen gewinnt beim Zentrum der rechte, konservativ-adlige Flügel an Einfluss.
Albrecht, in: Handbuch der bayerischen Geschichte, Band IV/1, S. 400 ff.; Möckl, Prinzregentenzeit, S. 212 ff.; Schamari, S. 31-238; Treml, in: Geschichte des modernen Bayern, S. 103 f.; Hartmann, S. 440 ff.
