Bei den Wahlen am 17. Juli 1899 setzt sich der Abwärtstrend für die Liberalen fort: Sie erhalten nur 44 Mandate (1893: 67). Der Bauernbund legt auf 13 Mandate zu. Das Zentrum erringt wieder die absolute Mehrheit mit 83 Mandaten. Die SPD kann die Zahl ihrer Sitze von 5 auf 11 verdoppeln. Bei dieser Wahl haben erstmals Zentrum und SPD, die sonst nichts miteinander gemein haben, ein Bündnis geschlossen, wonach sie sich gegenseitig in drei Wahlbezirken (München, Zweibrücken und Speyer) ihre Stimmen geben, je nach den größeren Wahlchancen der örtlichen Kandidaten. Auf diese Weise soll die Tücke des Mehrheitswahlrechts überwunden werden, wonach sämtliche Stimmen für die unterlegenen Kandidaten innerhalb eines Wahlkreises verfallen.
Einen Schwerpunkt der politischen Auseinandersetzungen dieses Landtags stellt das Wahlrecht dar. Das von der SPD angestrebte Verhältniswahlrecht wird vom Zentrum und den Liberalen abgelehnt. Das Zentrum hat nämlich mit 48,5% der Stimmen 52% der Mandate errungen, die Liberalen mit 20,4% der Stimmen 28,5% der Mandate; die SPD erhielt jedoch bei 15,3% der Stimmen nur 7% der Mandate. Dagegen befürwortet das Zentrum - zumindest dessen linker Flügel - wie die SPD durchaus die direkte Wahl und eine gesetzlich geregelte Wahlkreiseinteilung. Auf dieser Basis findet in beiden Kammern ein Antrag vom 1. Juli 1902 an die Regierung eine Mehrheit, einen Entwurf für ein Wahlgesetz gemäß einem detaillierten 14-Punkte-Katalog vorzulegen, welcher die Wahlrechtsreform von 1906 vorwegnimmt. Der Regierungsentwurf vom 28. September 1903 scheitert jedoch in beiden Kammern. In der Abgeordnetenkammer verhindern der Bauernbund, die protestantischen Konservativen und die Liberalen die nötige Zweidrittelmehrheit, obwohl letztere den Antrag an die Regierung mitgetragen haben.
Besonderes Aufsehen erregt eine Debatte, die durch das (Volks-)Schulbedarfsgesetz vom 28. Juli 1902 ausgelöst wird. Anlass für dessen Vorlage ist ein Antrag beider Kammern, die Lehrergehälter zu erhöhen. Zudem hatte sich nach dem Scheitern des liberalen Schulgesetzentwurfs von 1867, das die kirchlichen Rechte an der Schule überging, ein Reform- und Vereinheitlichungsbedarf im Volksschulwesen ergeben. Der liberale Kultusminister Robert von Landmann will dem Zentrum soweit wie möglich entgegenkommen, um seine Vorlage durchzubringen. Sie enthält eine zwar lückenhafte, aber weitgehend einheitliche Regelung hinsichtlich Schulorganisation, Schulausbau und Kompetenzabgrenzungen zwischen Gemeinden und Staat sowie eine Verbesserung der Lehrerbesoldung. Hinsichtlich der geistlichen Schulaufsicht hält der Entwurf am geltenden Recht fest, nämlich an der Lutz'schen Verordnung von 1883, wonach Geistliche in der Schulaufsicht dem Weisungsrecht des Kultusministers unterstehen und Konfessionsschulen die Regel bilden. Dennoch laufen die liberalen Kräfte in der Öffentlichkeit, im Parlament und sogar innerhalb des Ministerrats gegen diesen Entwurf Sturm. Das Schulbedarfsgesetz wird zwar verabschiedet, der Kultusminister reicht jedoch seinen Rücktritt ein, da er sich von seinen eigenen Kollegen in der Öffentlichkeit bloßgestellt fühlt.
Dies führt zu einer zugespitzten Auseinandersetzung: Die Zentrumsfraktion will sich an der Regierung bzw. am Prinzregenten für die Entlassung Landmanns rächen und streicht eine Summe von 100.000 Mark im Kultusetat, mit der Kunstwerke angekauft werden sollten, die dem Prinzregenten am Herzen liegen. Dieser Nadelstich wird mit Kritik an den verantwortlichen Ministern begründet. Das widerspricht der Verfassungsvorschrift, wonach "die Stände die Bewilligung der Steuer mit keiner Bedingung verbinden dürfen"; jedenfalls besteht kein sachlicher Zusammenhang zwischen den Kunstwerken und dieser Misstrauenserklärung an das Ministerium Crailsheim. Dieser Schritt des Zentrums versteht sich aus der Frustration heraus, dass der Prinzregent nach wie vor Minister ernennt und im Amt hält, die einer anderen politischen Richtung anhängen als die Mehrheit der Abgeordnetenkammer. Man verfügt zwar über die Mehrheit, nicht aber über die Macht.
Nun greift Kaiser Wilhelm II. ein und bietet dem Prinzregenten an, einen Teil der Summe aus eigener Tasche zu ersetzen - aus "Empörung" über "die schnöde Undankbarkeit" der bayerischen Abgeordneten. Die Einmischung des Kaisers, die von Crailsheim verteidigt wird, lässt in der Öffentlichkeit die Wogen noch höher schlagen. Luitpold lehnt das Angebot ab, entlässt aber am 1. März 1903 Crailsheim, da für das Budget noch die Zustimmung des Zentrums erforderlich ist. Der Prinzregent will deshalb den von Crailsheim angekündigten "Kampf gegen das Zentrum" nicht mittragen. Es ist auf Dauer nicht mehr möglich, gegen die Parlamentsmehrheit zu regieren. Nachfolger Crailsheims wird Clemens Graf Podewils; die neue Regierung trägt ein weiteres Mal den Charakter eines mehr oder weniger liberalen Beamtenministeriums. Podewils - ein Katholik - will die ursprüngliche Politik Crailsheims fortsetzen, d.h. "über den Parteien stehend" mit den gemäßigten Kräften der Liberalen und des Zentrum zusammenarbeiten.
Der Landtagsabschied hebt hervor: die "erfreuliche" Erhöhung des Gehalts und der Pensionen der Volksschullehrer im Zusammenhang mit dem Schulbedarfsgesetz, die Zuwendungen für andere Schularten und die Universitäten, die Gründung des Verkehrsministeriums, die Gehaltserhöhung für Beamte und andere Staatsbedienstete sowie für die Geistlichkeit und Verbesserungen der Lage der Minderbemittelten. Erwähnt wird auch die Einführung neuer Bestimmungen in der Geschäftsordnung des Landtags, die den Gang der Beratungen beschleunigen sollten. Nicht erwähnt wird die Ablehnung des Regierungsentwurfs für ein neues Wahlgesetz in beiden Kammern; auch die Affäre um die Kürzung des Kulturetats wird stillschweigend übergangen.
Schamari, Kirche und Staat, S. 317-570; Möckl, Prinzregentenzeit, S. 517-531; Albrecht, in: Handbuch der bayerischen Geschichte, Band IV/1, S. 368 f., S. 404 f.; Bernhard Löffler, Stationen parlamentarischen Wandels in Bayern, in: ZBLG 58, 1995, S. 965 ff.; Treml, in: Geschichte des modernen Bayern, S. 105 f.
