Bei der Landtagswahl vom 12. September 2003 erzielt die CSU mit 60,7% (124 Sitze) der Stimmen eines der besten Ergebnisse ihrer Geschichte. Die SPD hingegen fällt mit 19,6% (41 Sitze) auf ein historisches Tief. Die Grünen schaffen erneut den Einzug in den Landtag und erreichen 7,7% der Stimmen (15 Mandate). Alle anderen Parteien scheitern an der 5%-Hürde.
In der 15. Wahlperiode werden zwei Ministerpräsidenten und zwei Kabinette vor dem Plenum vereidigt: Am 7. Oktober 2003 erfolgt die Wahl von Edmund Stoiber (CSU) zum Regierungschef. Nach dessen Rücktritt am 30. September 2007 wählt der Bayerische Landtag am 9. Oktober 2007 Günther Beckstein (CSU) zum neuen Ministerpräsidenten. Das Amt des Landtagspräsidenten übernimmt Alois Glück (CSU).
Die Wahlperiode wird im Wesentlichen von drei Ereignissen geprägt: vom Spar- und Reformkurs der Staatsregierung unter Ministerpräsident Stoiber („Wir sparen, wir reformieren, wir investieren“), vom Rücktritt Stoibers als Regierungschef im Herbst 2007 und schließlich von der Amtszeit seines Nachfolgers Günther Beckstein.
Im Sommer 2004 wird das erste große Reformprojekt im Landtag verabschiedet: die Verkürzung der gymnasialen Schulzeit von neun auf acht Jahre („G8“). Weitere Marksteine der Spar- und Reformpolitik sind die Abschaffung des Bayerischen Obersten Landesgerichts (Herbst 2004), die „Forstreform“ 2005 (Überführung der bayerischen Staatsforsten in ein Wirtschaftsunternehmen in Form einer Anstalt des öffentlichen Rechts), ein neues Kinderbildungs- und Erziehungsgesetz (Sommer 2005), sowie ein neues Hochschulgesetz im Frühjahr 2006 (neue Abschlüsse wie Bachelor und Master; Einführung von Studiengebühren).
Einen Zugewinn an Gestaltungsmöglichkeiten für den Landtag bringt die Föderalismusreform. Der im Juni und Juli 2006 von Bundestag und Bundesrat beschlossene erste Teil der Reform regelt die Beziehungen zwischen Bund und Ländern bei der Gesetzgebung neu und überträgt einen Teil der Gesetzgebungskompetenzen des Bundes auf die Länder. Die neuen Zuständigkeiten führen in der 15. Wahlperiode zu einer deutlichen Zunahme an Gesetzesinitiativen im Landtag. Diese steigen von 203 (14. Wahlperiode) auf 245.
Mit dem Doppelhaushalt 2005/2006 erreicht der Freistaat erstmals einen ausgeglichenen Haushalt und kommt ohne neue Schulden aus. Auch der im April 2006 verabschiedete Nachtragshaushalt weicht nicht von dieser Linie ab.
Im Laufe der 15. Wahlperiode werden drei Untersuchungsausschüsse eingesetzt. Der Untersuchungsausschuss „Staatsministerin Hohlmeier“ tagt vom 16. Dezember 2004 bis zum 25. Januar 2007 in 36 Sitzungen und befasst sich mit dem möglichen Fehlverhalten von Kultusministerin Monika Hohlmeier (CSU), die im April 2005 zurücktritt (Nachfolger: Siegfried Schneider). Insgesamt werden 74 Personen als Zeugen vernommen.
Der Untersuchungsausschuss „Wildfleisch und Verbraucherschutz“ wird am 19. Mai 2005 eingesetzt, um mögliche Versäumnisse und etwaige unzulässige politische Einflussnahmen bei der staatlichen Kontrolle von Fleischhändlern im Freistaat zu prüfen. Der Auftrag des Ausschusses wird zweimal erweitert, da während der Untersuchung neue Fragen auftauchen. Der Untersuchungsausschuss verhandelt in 36 Sitzungen bis zum 24. April 2008 und vernimmt 116 Personen als Zeugen.
Der Untersuchungsausschuss „Bayerische Landesbank“ untersucht ab 9. April 2008 in zehn Sitzungen mögliche Versäumnisse der Staatsregierung bzw. deren zuständiger Mitglieder im Verwaltungsrat bei der Kontrolle der Bayern LB und der korrekten Unterrichtung des Bayerischen Landtags. Anlass sind Verluste, Abschreibungen sowie ein Wertberichtigungsbedarf für das Geschäftsjahr 2007 in Zusammenhang mit dem Engagement der Bayerischen Landesbank im US-Hypothekenmarkt. 33 Personen werden als Zeugen gehört.
Nach dem Rücktritt Edmund Stoibers als Regierungschef bringt der am 9. Oktober 2007 neu gewählte Ministerpräsident Günther Beckstein (CSU) im letzten Jahr der Wahlperiode mehrere Gesetzgebungsvorhaben auf den Weg. Neben dem Gesundheitsschutzgesetz („Nichtraucherschutz“) ist vor allem das neue Versammlungsgesetz umstritten, das am Ende der Wahlperiode verabschiedet wird. Die Opposition lehnt das Gesetz strikt ab. Sie befürchtet, dass friedliche Demonstrationen erschwert oder verhindert werden könnten. Eine besondere Belastung für die neue Regierung stellt die Weltfinanzkrise im Jahr 2008 dar, in deren Folge auch die Bayerische Landesbank in eine existentielle Krise gerät. Nur durch massive staatliche Interventionen kann das Institut gerettet werden.

So tritt vier Tage vor der konstituierenden Sitzung des 16. Bayerischen Landtags, am 16.10.2008 der Zwischenausschuss der 15. Wahlperiode zusammen, um sich übrr die Beteiligung Bayerns am Rettungspaket für die Banken durch die deutsche Bundesregierung zu informieren, das wegen der weltweiten Finanzkrise notwendig wird. Seine kurzfristige Einberufung ist notwendig wegen der am nächsten Tag anstehenden Entscheidung über das Rettungspaket des Bundes für die Banken. Die Länder sollen 35 Prozent am Risiko des 470-Milliarden-Euro-Pakets übernehmen und zudem für ihre Landesbanken und Sparkassen einstehen. Mit CSU-Mehrheit befürwortet der Zwischenausschuss bei Stimmenthaltung der SPD das Ja der Staatsregierung für das deutsche Bankenrettungspaket.

http://www.landtag.de/cps/rde/xchg/SID-0A033D45-EA93E035/www/x/-/www/16_3200.htm

Peter Jakob Kock, Der Bayerische Landtag. Eine Chronik. Würzburg 1996, S. 422-481.